成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因此无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷繁被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决议协助动感超人抑制危机，他和动感超人能打败魔王拯救地球的战争吗...