深夜，挥舞庞大钢筋袭击人类的亡灵“钢人七濑”是单纯的都市传说，还是真正的亡灵？给予妖魔鬼怪们智慧的巫女——岩永琴子，与之正面抗衡为了消灭由人类想象力发明的恐惧妖怪，为了统一虚拟，琴子设下了由虚拟组成的重重机关。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。