近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的肉体疾病，位于东京的肉体医疗综合研讨所开收回一种可以反映他人梦境的机器经过微型DC的协助，梦境在显示器上出现出来，更方便找到一集团焦虑的症结某日，三台微型DC失窃，与之相关的研讨人员的梦境接连被人侵入，随后遭到严轻损伤。美女医疗师千叶敦子另一个身份是梦境侦探“红辣椒”，她可以与患者同步体验梦境。为防止盗贼运用微型DC进一步作恶，她不得不潜入受益者的梦中

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　舞台：大阪&京都，正在录制"皐月杯"百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台突然发作爆炸，千钧一发之际，急忙赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人杀害，监控器里所显示出的是——红叶...原作中的重要角色，百人一首高中生冠军，自称"平次未婚妻"的大冈红叶，将初次在剧场版中退场，新一和小兰

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被以为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作冷傲退场财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其支出囊中在之后的记者招待会上，铃木宣布将联络分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦境展览。为此，他延聘毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划担任人圭子•安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣仓奈

一年一度的七夕行将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发作六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇特暗示由于作案范围过大，各地警署探员纷繁聚到东京警署的专案组共同研讨案情，毛利小五郎也被约请参与，柯南则偷偷听取了会议的内容会....

一天毛利小五郎收到一张请帖，外面是谜样女子的委托，需求前往横滨的一个游乐场小五郎和柯南一行人快乐地抵达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名微妙女子的圈套一切带上手表的人不得分开游乐场，否则便会发作爆炸。从如今....

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆贺该邮轮的处女航，八代商船约请各界名流参与，上到首相下到富豪悉数前来铃木园子的父母也接到约请，因行程布置铃木夫妇无法列席，园子于是约请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友....

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，预备在落成之日举行演奏会但是在演奏会之前，堂本音乐学院的先生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀 　　园子带着柯南一行人来听排演，看法了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有相对音感的秋庭也末尾遭遇到风险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 

东京、大阪、京都相继发作杀人事情，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员该集团共有成员8名，以义经的家臣名字相互称谓，且都持有一本《义经....