正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，招致遗传因子规范的蜕变，变成了残酷的怪兽THE ONE之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研讨机关）的监视下逃走，从此就没了音训。  另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有后天分疾病的儿子继梦决议辞去官职。

宇宙有翼骨兽格兰达出如今了宇宙空间里。SuperGUTS和戴拿奥特曼都在战役中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。SuperGUTS前去参与，见到了开发担任人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思索数据来模拟人的行为中止战役的，为了获取数据，她希望能把SuperGUTS队员的战役阅历移植给普罗米修斯号。

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