某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶微妙的液体，把它带回家放在了冰箱里哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在有意之中将其喝下，隔天居然变异成为了植物  之后，一个微妙的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，居然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位保守的环保主义着，妄图经过一种微妙的药物将破坏环境的人类全部都变成植物，而小新捡到的微妙液

某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等冤家们游玩，不测遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的微妙女子，久美子通知小新，自己来自于悠远的未来世界，而彼时曾经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫  跟随着久美子，小新一行人分开了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了不时和自己作对的新之助得知小新的到