孩子终究是从哪里来的呢？不同于人们以往的认知，小Baby们居然是批量消费的？！《娃娃老板》的主角小男孩Timothy原本是爸爸妈妈心中独一的宝贝，可在一个穿着西装提着公文包的小婴儿的突然出现之后，他一下子就失宠了，爸爸妈妈的心思全都在弟弟身上，让他很是不爽。

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能分开马达加斯加岛回到五颜六色的纽约，对一架破旧的失事飞机中止维修正造，并成功下降当大家曾经末尾庆贺终于可以回

在纽约的中央公园里，生活着这样一群牵肠挂肚的好冤家：狮子亚利克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚他们的性情开朗生动，因此每天的生活都过得丰厚多彩直到有一天，一群漂泊的企鹅令斑马马蒂发作了一个大胆的念头，那就是逃出植物园，探寻自己的故土，寻觅新世界。于是，没有通知其他冤家，马蒂悄然上路了。这下可急坏了冤家们，亚历克斯和其他几个冤家也逃出了中央公园，踏上了寻觅马蒂的旅途。