知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”毛利小五郎遭到牧树里委托将信件剖析，以为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人分开剧场，那里早有诸多警察守候 令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出如今众人面前，但他及众人方向不同的紧张事前，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆贺该邮轮的处女航，八代商船约请各界名流参与，上到首相下到富豪悉数前来铃木园子的父母也接到约请，因行程布置铃木夫妇无法列席，园子于是约请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美妙的假期之中。 但是，这注定是一次不寻常的飞行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，预备在落成之日举行演奏会但是在演奏会之前，堂本音乐学院的先生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀 园子带着柯南一行人来听排演，看法了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有相对音感的秋庭也末尾遭遇到风险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 但是就是从这些事情中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋

浮如今太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”岛上世代相传着“海底醒悟着现代遗址“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传说…… 来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”（海盗猎人：在现代，奔走在世界各地、寻觅昔日海盗埋藏宝藏的人们通常被称为“宝藏猎人”）们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探求海底宫殿时，

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇剧中，遵从黑衣组织命令研收回Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新退场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未旅居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。