日本和歌山纪伊半岛。在本州岛最南端的一个港口小镇，一名高中生，也是“Fukuro餐厅”的独生女Sora Hirami与她的父亲Taichi独自生活。 Sora小的时分，她的母亲Ai为了她的梦想分开了欧洲。被遗弃的太一和空处置被遗弃的痛苦。空努力了解母亲的意图并应对空虚。在学校，空感到不分彼此，找不到可以倾吐的人。虽然她很感谢父亲一手抚养她长大，但在十几岁的时分，空很难表达她的感谢之情。即使如此，她

14年前，初号机疑似神化第一外形的醒悟带来近三冲击，使世界发作史无前例的剧变在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了统一seele和NERV的WilleWille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但相对制止真嗣登上初号机。感遭到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，前