第一集中，变异人在X教授的指挥下，将罪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的招认在一次政治要人遭到暗杀后，一切的矛头又一次指向变异人这一次，X教授也感到压力大增，致使于跟美国总统都要就此事中止商量。一个拥有很高声誉的前将军，率领着支持变异人的联盟延续对x教授施压。万磁王在这种状况下，不得不寻觅与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

具有特殊才干的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队成员包括能吸收对刚才干的淘气、双眼能放致命射线的镭射眼（詹姆斯·麦斯登（James Marsden饰）、能随意控制气候的暴风女（哈莉?贝瑞 Halle Berry 饰）、具有隔空取物和心电感应才干的琴葛蕾（法米克?詹森 Famke Janssen 饰）…… 不久，金刚狼（休?杰克曼 Hugh Jackman 饰）也出现了不过金钢狼脾气暴