高中生侦探工藤新一，被称为日本警察的救世主、平成年代的福尔摩斯一次在与两小无猜的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个举动诡异的黑衣人新一跟踪他们直到买卖现场，另一个黑衣人趁其不留意从前面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的微妙毒药希图杀他灭口，但由于反作用他的身体竟回到发育期的孩童外形。思索到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友遭到牵连，于是新一化名为江户川柯南，寄住在毛利兰的