本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己曾经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner曾经被牙王劫持…… 众人被逼留在过去，最坏的状况是良太郎失掉了成为电王的一切记忆，桃泰诺斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的良太郎（剧中用“小太郎”替代）和异魔神齐格，并且在樱

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不清查無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的