主角是一个名叫司三四郎的男孩,那个“笔记本”是电脑控制器,是专门控制柔王丸的外部机体的,这部电脑里也有一个位置是放柔王丸的,后来柔王丸有思想和自主才干了,就不放这外面了姿3四郎，姿家武馆的传人，但他不潜心研讨柔道而对数码金刚人的制造及比武发作兴味，他带着他的数码金刚人“柔王丸”，打败了全国的冠军在机缘巧合下，3四郎失掉了一种可使伤残的金刚人再次发威的操作顺序及配件，使“柔王丸”能如人般灵敏，但此事

20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描くハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記