500英尺的海面之下，美国海军弹道导弹核潜艇科罗拉多号接到从加密频道传来的信息：命令他们向巴基斯坦发射核导弹。这个频道通常只在美国外乡遭到核打击时才会运用。指挥官Marcus上校（安德鲁·布劳尔AndreBraugher饰）要求确认命令，白宫突然下令解除他的职务。副指挥官Sam（斯科特&middo;斯比德曼ScottSpeedman饰）接收了这艘潜艇，但他一样拒绝在未失掉确认命令的状

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星叛变者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕穆德的办公室被搜寻，斯科莉央求Skinner（Mitch Pileggi 饰）协助寻觅伙伴，孤枪侠也参与出去。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两团体的初次会面不欢而散。