相田爱在教员的信任下，成为了大贝第一中学先生会会长在一次社会科的户外活动，她和同窗分开地标修建四叶塔（Clover Tower）欣赏，一路上忙着照顾众人就在她终于可以停上去，等候展望台的景色时，庞大的怪物“自我中”突然出现，惹起了庞大的混乱。不甘旁人被损伤的相田，遇上了扑克牌王国的精灵夏露露，倚靠不可思议的饰物能量，变身成为光之美少女－－心天使。随后其两小无猜六花和小学玩伴有栖亦参与光之美少女的行

知名修树立计师森谷帝二这日约请新一参与在他府上举行的茶会，柯南只得电话拜托小兰柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被相对对称的宏伟修建吸引衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人惊讶地大声攻击年轻设计师，讲修建的美学准绳要被他们破坏殆尽。柯南在规则时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一同欣赏陈有他设计图的展览馆，交谈中，他慨叹30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中探听到她要与新一在

故事发作在时间和地点皆无法判明的超未来  世界由高度兴旺的网络（软件）和作为其事实载体的超结构体（硬件）所构成。本该是得益于科技兴盛开展的人类却由于一场灾难丧失了衔接网络的资历和才干（相当于公民权）。  没有了支配者的AI依据管理规则末尾排挤失掉了网络衔接资历的人类。而忘却了曾经的兴盛的人们，只能在管理系统的阴影下苟且偷生。本作的舞台就被设定在这样一团体类日渐兴起的世界。&nb

永远的“6时59分”末尾了——在佑河家有着代代相传的止界术运用止界术，可以进入森罗万象尽数中止的“止界”某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了她为了救出他们而不得已运用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的「真纯实爱会」。围绕着运用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面…