故事发作在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次义务之中下落不明，长大后的信承袭了父亲对正义的追求，成为了地球战争结合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。

遭到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类简直消亡为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子 　　与此同时，由于听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U集合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

在与戈鲁戈姆战役后半年，本应取回的战争突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想笼络南光太郎作为部下，但光太郎不允许，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的状况下，光太郎被扔往宇宙。外行将变为宇宙尘埃的时分，光太郎被微妙的太阳光线照射，其体内的帝王石亦发作了变化，光太郎也因此变成了重生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACKRX，并展开了与克萊西斯帝国的战

在与戈鲁戈姆战役后半年，本应取回的战争突然被怪魔界克萊西斯帝国打破克萊西斯帝国的杰克将军想笼络南光太郎作为部下，但光太郎不允许，于是杰克将军便将其变身机能破坏 变身机能破坏的状况下，光太郎被扔往宇宙。外行将变为宇宙尘埃的时分，光太郎被微妙的太阳光线照射，其体内的帝王石亦发作了变化，光太郎也因此变成了重生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战役。