1999年，墜落地球的庞大隕石奪去了整個陆地與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁衍。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。  2006年，在這個沙漠化的地球上，局部ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者