人类希图修正植物的遗传因子，以此抵达控制植物的目的，而方案失败，树木则渐渐发作了思想，末尾了无节制的生长，使得地球遭到了消灭性的破坏时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生活选择了和森林战争相处直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了忌讳之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及醒悟在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了醒悟的图拉，交谈中得知

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示预先柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。关于这两起案件，目暮警官等人一正常态不愿向毛利小五郎及柯南走漏太多信息。毛利不甘愿进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事情与

小兰的冤家原子家铃木财团预备展出他们家收藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回想之卵，回想之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，下面用迷语的方式列明他盗宝的时间原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎协助，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一同前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决议一同联手解开怪盗基德之谜！