被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类弱小的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类中止复仇。 曾经失掉了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练巨匠为目的而不时的旅游，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚终了了和训练家的对战，接着收到了一封微妙人的约请函，约请他们参与世上最强的小精