在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战终了后，人类世界迎来了长达两年的战争岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队分开位于南太平洋的远古遗址露露耶，他们再次发现了业已消灭的超现代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女首领卡美拉（芳本美代子 饰）。入间竭力支持对古迹的震动，但丝毫无法改动下层的决议，最终招致三尊邪神复生，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与

21世纪，地球回复昔日的战争，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一集团工的时空囊地球战争联盟TPC的GUTS小队经过时空囊了解到地球将有大灾难发作而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便依据预言寻觅收藏在金字塔的三大巨人的身体。　　几经寻觅后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃