纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为庞大的人化生物暴躁激动却富有热情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默幽默的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），特性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的指点者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市仗势欺人的

忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战役,而忍者神龟们也在战役中失掉了提高!