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继续在世界各地中止修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于分开了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇小镇上屹立着意味时间与空间的光阴之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行小智一行走错了路，却由此结识外地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战役与快乐的游玩，却未觉察风险正悄然逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被外

 在圣光之路（HOLY ROAD）的决赛终了之后，天马在豪炎寺的委托下到了足球机构里教授足球。很快就过了三个月，天马某日回到雷门中学，却发现虽然是异常的学校....