故事以前作《迷信小飞侠Crowds》的后续剧情展开距离“立川事情”曾经过了一年，如今贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力气“CROWDS”在日本首相菅山的推行之下已在人类社会当中普遍普及但是依然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战役就此揭开序幕。