上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的疑心并没有完毕，新一轮的智力游戏继续停止。 

与死神硫克特性悬殊的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人世，失掉它的是极度崇敬“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价失掉了夜神月所没有的死神之眼。并自动和夜神月联络，容许协助他除掉L，条件让月做自己的男冤家。聪明的L先下手为强，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的方法。 

同时，由于跟踪报道“基拉”事情而风头大劲的樱花电视台发作了一连出人预料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的进程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了...... 

两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切虚无缥缈；两个算无遗漏的天赋，谁最终可以洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？