本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路途“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章经过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了失掉可以完成一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争 

时隔10年在冬木市迸发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、歪曲和好转。作为御主参战的卫宫士郎也在战役中挂彩还失掉了英灵Saber，虽然如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战役中引身参与。而担忧士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……