来自不同阶层家庭的乱太郎、新兵卫、阿丸进入了一所忍者学院学习忍术，他们很快成了好朋友，在这里他们认识了女学生阿美、阿香、阿茂。在男女生联欢会上，由于没有经验，他们遭到了女生的戏弄，挨了顿教训。
乱太郎他们遇到一个迷路的忍者，他丢失了要送的密函。经反复回忆，原来他把密函当厕纸用了。 院长出主意，在土井老师的教导下他们学习忍者的多种课程。吃尽苦头的乱太郎三人想办法用点心贿赂院长，结果适得其反。
蜘蛛子城和贺之潮城正在开战。新兵卫在训练中迷路，与贺之潮城的公子一同被抓到蜘蛛子城。乱太郎、阿丸、土并老师和山田老师乔装改扮前往营救。他们遇到不明身份的忍者宇奈仲，双方一场大战之后，发现宇奈仲是山田老师的学生。新兵卫会否得救？
