在《神奇植物在那里》第一部的开头，纽特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）协助美国魔法国会，将弱小的黑巫师盖勒特·格林德沃（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）抓捕归案但格林德沃不久便兑现狂言成功越狱，并末尾纠集信徒，着手完成他们的罪恶目的：让纯血缘的巫师成为统治阶级，对立一切非魔法生物。
为挫败格林德沃的阴谋，阿不思·邓布利多（裘德·洛 Jude Law 饰）向昔日的先生纽特·斯卡曼德寻求协助。纽特欣然许愿，却没无看法到，他将踏上的会是一段充溢艰险的未来征途。此时的魔法世界面临绝后的分裂乱局，阶级鸿沟日益加深，爱与忠实备受考验，至亲好友也能够反目成仇……
