明朝中叶，皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙（俗称六扇门）奉命清查，以季同归为首的捕头反被陷害，无法之际隐姓埋名继清查。案件阴暗，东厂提督与国相先后叛乱，危难之际六扇门结合锦衣卫自告奋勇。