千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，分开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安。在魔术扮演中，小胜听到一阵纤细的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年，可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的