《苍蓝钢铁的琶音剧场版》讲述士官候补生千早群像和同伴们偶然登上了旧时大日本帝国海军的潜水艇“伊401”后发作的故事。男主角千早群像担任“伊401”的暂时舰长，女主角伊欧娜则是“伊401”的拟人化外形

在21世纪初,人类因全球暖化的影响而失掉了大半的陆地此时,在世界各地突然出现了搭载着微妙超兵器被称为"雾之舰队"的战舰群,对其毫无招架之力的人类失掉了制海权,并且再也无法自在飞行于大海之上17年后,千早群像与其同伴们在不知觉中搭上了潜水舰伊401,并与伊401的心智范本伊欧娜一同挑起了与雾之舰队间的烽烟。