在远离大都会的小山村，住着巫女世家出身的高中女孩宫水三叶（上白石萌音 配音）。校园和家庭的缘由本就让她充溢烦恼，而近一段时间发作的奇特事情，又让三叶摸不清头脑。不知从何时起，三叶在梦中就会变成一个住在东京的高中男孩。那里有生疏的同窗和冤家，有亲切的晚辈和繁华的街道，一切都是如此诱人而真实。另一方面，住在东京的高中男孩立花泷（神木隆之介 配音）则总在梦里分开生疏的小山村，以女孩子的身份过着全新的生活

由于拥有可以看到妖精的特殊体质，少女莉迪雅（水树奈奈 配音）经常遭到同伴们的排挤和孤立，但是即使如此，莉迪雅照旧决议运用自己的才干，成为一个专门处置人类和妖精之间事宜的妖精博士某一日，在渡轮上，莉迪雅遇见了一位微妙的金发青年——爱德格（绿川光 配音）爱德格自称青骑士伯爵，并且央求莉迪雅协助他寻觅其遗失的，可以证明身份的宝剑。就这样，莉迪雅同爱德格签署了契约，一同踏上了寻宝的旅程。 城市里发作了臭名

幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心（凉风真世配音）引退后，选出异常具有拙劣剑术的志志雄真实（池田政典配音）继续着暗杀义务。在维新行将取得成功之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从天堂活转，怀着庞大的仇恨制定了“京都破坏方案”，他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷繁举动起

小兰的冤家原子家铃木财团预备展出他们家收藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回想之卵，回想之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，下面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎协助，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一同前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决议一同联手解开怪盗基德之谜！©

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。预先柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。关于这两起案件，目暮警官等人一正常态不愿向毛利小五郎及柯南走漏太多信息。毛利不甘愿进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪损伤阿笠博士的凶手，他依据几起案件现场留下的线索发现凶手依照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时分曾经拘捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事情招致毛利离任以及婚姻变故。            

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。预先柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。关于这两起案件，目暮警官等人一正常态不愿向毛利小五郎及柯南走漏太多信息。毛利不甘愿进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事

雏见泽是一处坐落在群山盘绕之间的僻静村庄，憨厚的民风使得这个新鲜的村庄不时以来都保管着祖先时代的祭奠习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能顺应，但在结识了温顺的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），生动的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶微妙的液体，把它带回家放在了冰箱里哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在有意之中将其喝下，隔天居然变异成为了植物 之后，一个微妙的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，居然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位保守的环保主义着，妄图经过一种微妙的药物将破坏环境的人类全部都变成植物，而小新捡到的微妙液体就是还尚处